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传染病防制所
    传染病防制所承担着全市急性传染病防制和突发传染病疫情的应急处置重任。包括6个科室：疫情信息管理科、传染病监测科、免疫规划管理科、消毒和病媒生物防制科、病毒检验科和微生物检验科。
主要工作职责：
    1、制订全市急性传染病预防控制规划、计划和方案；
    2、对传染病疫情开展网络实时监控，并定期开展分析评价及预测预报；
    3、开展对相关传染病的监测,暴发疫情的流行病学调查、现场处理及其效果评价；
    4、协助武汉市卫生局制定和组织实施免疫预防规划；
    5、负责国家免疫规划疫苗的供应、应用效果的监测和评价；　
    6、调查和掌握我市主要病媒生物的种群分布、生态习性和季节消长情况；
    7、组织开展消毒监测工作；
    8、开展病原微生物和卫生微生物的检验，进行血清学和分子流行病学研究；
    9、指导、培训下级疾病预防控制机构及医疗机构工作人员开展各项传染病防制工作，如传染病疫情报告、传染病监测和暴发疫情的调查处理工作、计划免疫、消毒和病媒生物防制、以及实验室检验工作。

艾滋病防制所
职责和任务：
    1、运用现代科学技术手段，开展艾滋病监测、检测，及时掌握疫情，为制订防治对策提供依据；
    2、组织实施艾滋病防治方案，督促、指导、协调具体防治措施；
    3、评价防治工作实施情况，加强防治工作质量控制；
    4、强化专业队伍建设，提高防治工作和预防服务能力；
    5、开展专题调查，解决防治工作中急需解决的问题。

慢性病防制所
慢性非传染性疾病预防控制的主要工作职责是：
　　 1、参与制定慢性非传染性疾病控制政策和规划。
　　 2、制定、实施和评估慢性非传染性疾病预防和控制计划和实施方案。
　　 3、建立和完善慢性非传染性疾病的监测评价系统。为慢性病防制工作提供科学依据。
　　 4、建立以社区综合防制为基础的慢性病防制工作网络，落实慢性病综合干预措施，开展重点疾病的预防控制工作。
　　 5、开展保健与咨询服务，积极推行慢性病诊疗服务管理模式。
　　 6、负责慢性非传染性疾病防制的业务指导、管理和技术保障。